《东南大学学报(自然科学版)》 和 Journal of Southeast University (English Edition)（JSEU_EE）是东南大学主办的以机械动力、能源环境、材料科学、电力电气、通信工程、电子工程、计算机工程、自动控制、仪器科学、土木交通和生物医学等学科为主的学术期刊。
　　《东南大学学报(自然科学版)》被美国《工程索引》(Ei Compendex)、英国《科学文摘》、中国科学引文数据库(CSCD)、《中文核心期刊要目总览》、中国科技论文统计源期刊等数据库收录。JSEU_EE 被美国《工程索引》(Ei Compendex)、英国《科学文摘》等7家国际重要数据库收录。
　　《东南大学学报(自然科学版)》2005年获第三届国家期刊奖百种重点期刊奖，2006—2014年连获5届中国高校精品科技期刊奖，2008—2011年连获4届中国科技论文在线优秀期刊一等奖，2008年被中信所评为百种中国杰出学术期刊，2008、2011、2014和2017年被中信所评为中国精品科技期刊，2009—2017年连续被评为RCCSE中国权威学术期刊，2012年入选2012中国最具国际影响力学术期刊，2013年和2018年获首届、第二届江苏省新闻出版广电政府奖报刊奖，2015年入选2014年江苏十强科技期刊，2016年入选中国高校百佳科技期刊。JSEU_EE 2010年和2012年获第三届和第四届中国高校优秀科技期刊奖，2016年入选中国高校优秀科技期刊。